Por: Paulino Betancourt
“Lo que no se define no se puede medir. Lo que no se mide, no se puede mejorar” es una máxima en el mundo corporativo, que corresponde a William Thomson Kelvin (Lord Kelvin). Y también es cierta en el mundo de la salud pública. En Venezuela ha sido un reto que los funcionarios conozcan en tiempo real la cantidad de personas con el COVID-19, empleando las pruebas de diagnóstico (PCR), respondiendo a la pandemia sin saber qué tan rápido se estaba propagando y qué medidas minimizaban los riesgos. Hay otro problema que también debemos afrontar como país, con un tipo diferente de prueba: la secuenciación genética. Esta prueba se basa en la decodificación del genoma del virus SARS-CoV-2 en muestras de pacientes. Conocer la secuencia del genoma ayuda a los investigadores a comprender dos cosas importantes: cómo están apareciendo las variantes y cómo “viaja” de una persona a otra.
Antes de la pandemia del COVID-19, este tipo de vigilancia genómica se reservaba principalmente para realizar pequeños estudios de bacterias resistentes a los antibióticos, investigar brotes y monitorear las cepas de influenza. Ahora, los epidemiólogos genómicos y expertos venezolanos en enfermedades infecciosas, realizan este tipo de pruebas todos los días en sus laboratorios, trabajando para descifrar cómo está evolucionando y moviéndose el coronavirus en la población. A medida que continúan surgiendo nuevas variantes de coronavirus preocupantes, la vigilancia genómica tiene un papel importante para ayudar a controlar la pandemia.
En Venezuela ha sido un reto que los funcionarios conozcan en tiempo real la cantidad de personas con el COVID-19, empleando las pruebas de diagnóstico (PCR), respondiendo a la pandemia sin saber qué tan rápido se estaba propagando y qué medidas minimizaban los riesgos
Paulino Betancourt
La secuenciación del genoma implica descifrar el orden de las moléculas de nucleótidos que explican el código genético de un virus en particular. Para el coronavirus, ese genoma contiene una cadena de alrededor de 30.000 nucleótidos. Cada vez que el virus se replica, se cometen errores. Estos errores en el código genético se denominan mutaciones. La mayoría de las mutaciones no cambian significativamente la función del virus. Otros pueden ser importantes, particularmente cuando codifican elementos vitales, como la proteína de pico de coronavirus que actúa como una llave para ingresar a las células humanas y causar la infección. Estas mutaciones de pico pueden influir en la “infecciosidad” del virus, la gravedad de la infección y la eficacia de las vacunas actuales.
Los científicos pueden usar las secuencias genéticas para rastrear cómo se transmite el virus en una comunidad e incluso en los centros de atención médica. Por ejemplo, si dos personas tienen secuencias virales con muy pocas diferencias entre ellas, sugiere que el virus se transmitió de una a otra o de una fuente común. Por otro lado, si hay muchas diferencias entre las secuencias, estos dos individuos no contrajeron el virus entre sí. Este tipo de información permite a los funcionarios de salud pública adoptar medidas y hacer las recomendaciones apropiadas para el público.
Pero, ¿cómo saben los investigadores si están surgiendo variantes y si la gente debería estar preocupada? Tomemos como ejemplo la variante P.1., detectada por primera vez en Brasil, país que cuenta con vigilancia genómica. Los investigadores brasileños en salud pública descubrieron que cierta secuencia con múltiples cambios, incluida la proteína de pico, estaba aumentando. Incluso en medio de una cuarentena, esta versión del virus se estaba propagando rápidamente, más que sus predecesores. Los científicos examinaron más a fondo el genoma de esta variante para determinar cómo estaba superando las recomendaciones de distanciamiento y otras medidas de salud pública. Encontraron mutaciones particulares en la proteína de pico que facilitaron que el virus infectara células humanas. La investigación preliminar sugirió que estas mutaciones se tradujeron en una mayor tasa de transmisión, lo que significa que se propaga mucho más fácilmente de persona a persona que las cepas anteriores.
Los desarrolladores de vacunas y otros científicos luego utilizaron esta información genética para probar si las nuevas variantes cambian el funcionamiento de las vacunas. Desafortunadamente, la investigación preliminar (que aún no ha sido revisada por pares) encontró que la variante P.1. puede evadir algunos anticuerpos producidos por las vacunas.
La detección de variantes de interés y el desarrollo de una respuesta de salud pública a ellas requieren un programa sólido de vigilancia genómica. Eso se traduce en que los científicos secuencien muestras de virus de aproximadamente el 5% del número total de pacientes con el COVID-19 en las poblaciones con mayor riesgo de contraer la enfermedad. Sin esta información genómica, las nuevas variantes pueden diseminarse desenfrenadamente.
Entonces, ¿cómo se está desempeñando Venezuela en el área de la vigilancia genómica? No muy bien y rezagada con respecto a otros países de la región, según la GISAID, que promueve el intercambio de datos de secuencias del genoma en la pandemia del COVID-19. Allí se indica que Venezuela ha secuenciado la menor cantidad de genomas virales por cada 1.000 casos. Aunque muchos países no presentan ningún dato de secuenciación. Lo poco que existe en el país se debe al grupo de investigación del IVIC a cargo de la Dra. Flor Pujol (en la revista PLOS ONE).
La detección de variantes de interés y el desarrollo de una respuesta de salud pública a ellas requieren un programa sólido de vigilancia genómica
Paulino Betancourt
¿Cómo podemos cambiar esta situación? Hay que permitir que se asocien los laboratorios privados, de salud pública, la academia y otros, para aumentar la capacidad de vigilancia genómica en nuestro país. Sin embargo, alcanzarlo no es tan simple como pagar una factura considerable para que un laboratorio realice las pruebas. Los investigadores deben recolectar las muestras, a menudo de diferentes fuentes como hospitales, clínicas, laboratorios de bioanálisis privados, etc. Una vez que se realiza la prueba de secuenciación, los bioinformáticos utilizan programas avanzados para identificar las mutaciones importantes. Finalmente, los profesionales de la salud pública fusionan los datos genómicos con los datos epidemiológicos para determinar cómo se está propagando el virus. Todo esto requiere una inversión en la formación de especialistas, equipos e insumos para realizar estas tareas en conjunto.
En última instancia, para que sea útil, un programa de vigilancia genómica exitoso debe ser rápido y los datos deben ponerse de inmediato a disposición de los organismos para la correcta toma de decisiones en tiempo real. La implementación de dicho programa es una de las herramientas indispensables en salud pública para controlar la pandemia actual y preparará a Venezuela, en futuras contingencias.
PAULINO BETANCOURT | @p_betanco
Investigador, profesor de la Universidad Central de Venezuela, miembro de la Academia Nacional de Ingeniería y Hábitat.
